肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。比如肛腺开口于直肠肛窦，当肛窦被粪便等异物堵塞时，肛腺分泌的液体无法正常排出，就容易引发感染，进而向周围组织蔓延形成脓肿。
感染因素导致
肛腺感染： 肛窦是肛腺的开口，粪便干结等容易导致肛窦损伤，进而引发肛腺感染。一旦肛腺感染，炎症会沿着肛腺导管向周围组织扩散，从而形成肛周脓肿。一般来说，这种因肛腺感染引发的肛周脓肿较为常见。其他细菌感染： 金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等细菌感染也可能导致肛周脓肿。比如皮肤擦伤后细菌入侵，或者身体其他部位的感染灶通过血液循环传播到肛周，都可能引起肛周组织的化脓性炎症，形成脓肿。
自身疾病引发
肛门直肠损伤： 肛门直肠受到外伤，像异物损伤、器械检查损伤等，都可能使细菌侵入肛周组织引发感染。例如做肛门镜检查时操作不当，可能会损伤肛管直肠黏膜，为细菌感染创造条件，进而导致肛周脓肿。克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，会累及肠道各部位。当累及肛周时，容易出现肛周脓肿等并发症。有研究发现，克罗恩病患者中肛周脓肿的发生率相对较高。
生活习惯相关
久坐不动： 长时间久坐会影响肛周局部的血液循环，使肛门局部抵抗力下降，容易受到细菌侵袭。比如一些办公室工作人员，长时间坐着工作，就比经常活动的人更易患上肛周脓肿。饮食不节： 长期大量食用辛辣、油腻食物，会刺激肛门直肠部位，导致局部湿热内生，蕴结不散，容易引发肛周脓肿。例如喜欢吃火锅、烧烤等辛辣油腻食物的人群，患肛周脓肿的风险相对较高。卫生习惯不佳： 不注意肛门局部清洁，粪便残留容易滋生细菌，增加感染的机会。比如便后不认真清洗肛门，就容易让细菌在肛周繁殖，引发感染形成脓肿。