巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状多样。约有1/3的患者可能没有明显症状，但多数患者会出现痛经、月经异常等表现。
痛经表现：
进行性加重的痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状之一。很多患者会发现，从有月经开始可能没有明显痛经，但随着患巧克力囊肿时间的推移，痛经会逐渐加重。这种痛经往往从月经前1 - 2天开始出现，一直持续到整个经期结束。例如，有的患者原来月经时只是轻微腹痛，后来每次月经前几天就开始下腹坠痛，而且疼痛程度越来越重，严重影响日常生活和工作。非经期下腹痛： 除了经期的痛经，有些患者在非经期也会有下腹部隐痛或胀痛感。尤其是在性生活时，可能会出现下腹部疼痛不适，这是因为囊肿在盆腔内，性生活的刺激可能会引发疼痛。
月经异常表现：
月经量增多： 部分患者会出现月经量比以前明显增多的情况。正常月经量一般在20 - 60毫升，而患病后可能会超过80毫升。这是因为子宫内膜异位到卵巢形成囊肿后，会影响卵巢的正常功能，导致内分泌失调，进而影响子宫内膜的正常脱落和修复，使得月经量增多。月经周期紊乱： 月经周期可能会出现提前或推迟的情况。正常月经周期一般是21 - 35天，患病后有的患者月经周期可能缩短到20天左右，有的则会延长到40天以上，而且月经经期也可能不太规律，时短时长。
不孕表现：
受孕几率降低： 巧克力囊肿会影响卵巢的排卵功能以及盆腔内的环境，从而降低女性的受孕几率。据统计，患有巧克力囊肿的女性不孕的发生率相对较高。这是因为囊肿会破坏卵巢组织，影响卵子的排出和拾取，同时盆腔内的环境改变也不利于精子和卵子的结合以及受精卵的着床。比如，一些原本可以自然受孕的女性，在患上巧克力囊肿后，备孕很长时间都没有成功怀孕，经过检查才发现是巧克力囊肿在作祟。