桥本氏病是一种自身免疫性疾病，其病因目前尚未完全明确，但可能与遗传因素、自身免疫因素以及环境因素等有关。有研究显示，约15% - 20%的桥本氏病患者有家族遗传倾向。
遗传因素方面
基因易感性： 研究发现，某些特定基因的突变或变异会增加患桥本氏病的风险。例如，人类白细胞抗原（HLA）系统中的一些基因位点与桥本氏病的易感性密切相关。如果家族中有亲属患有桥本氏病，那么其他家庭成员患该病的概率会比普通人群高一些。比如，有家族史的人群中，发病风险可能比无家族史人群高2 - 3倍左右。
自身免疫因素方面
免疫系统异常攻击： 人体的免疫系统本应保护身体免受外来病原体的侵害，但在桥本氏病患者体内，免疫系统出现了差错，错误地将甲状腺组织当作外来的“敌人”进行攻击。甲状腺中的甲状腺球蛋白、甲状腺过氧化物酶等自身抗原被免疫系统识别为异物，从而引发一系列免疫反应，导致甲状腺组织受损，影响甲状腺的正常功能。例如，体内会产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb），这些抗体水平的升高往往提示存在自身免疫性的甲状腺损伤。
环境因素方面
感染因素： 某些病毒感染可能与桥本氏病的发病有关。比如，柯萨奇病毒、腮腺炎病毒等感染可能会触发人体的免疫反应，进而影响甲状腺。有研究表明，在一些病毒流行的季节或地区，桥本氏病的发病率可能会有所上升。另外，长期处于精神压力过大的状态下，也可能影响免疫系统的功能，从而增加患桥本氏病的风险。长期精神紧张会导致体内激素水平失衡，干扰免疫系统的正常调节，使得免疫系统更容易出现紊乱，进而攻击甲状腺组织。