三个月宝宝眼睛流泪、睡醒后有眼屎，可能是以下原因引起：
1.感染：宝宝的眼睛可能受到了细菌或病毒的感染，导致炎症和分泌物增多。常见的感染原因包括结膜炎、泪囊炎等。
结膜炎：是结膜的炎症，可能由细菌、病毒或过敏引起。宝宝的眼睛可能会发红、流泪、有眼屎，有时还会伴有瘙痒或疼痛。
泪囊炎：由于鼻泪管堵塞，泪液不能正常排出，积聚在泪囊中，容易导致感染。宝宝的眼睛可能会有分泌物，并且在按压内眼角时会有脓液流出。
2.过敏：宝宝可能对空气中的花粉、灰尘、毛发等过敏，导致眼睛过敏反应和分泌物增多。
3.先天性疾病：某些先天性疾病，如先天性泪道阻塞、先天性青光眼等，也可能导致宝宝眼睛流泪和有眼屎。
4.不适当的护理：使用不洁的毛巾或手擦拭宝宝的眼睛，或者给宝宝使用了刺激性的护肤品，都可能引起眼睛感染和炎症。
针对宝宝眼睛流泪和有眼屎的情况，可以采取以下措施：
1.保持眼部清洁：用干净的纱布或棉球蘸取温水，轻轻擦拭宝宝的眼睛，去除眼屎。注意不要用力擦拭，以免损伤宝宝的眼睛。
2.使用眼药水：如果医生诊断为感染引起的眼睛炎症，可以根据医生的建议使用眼药水。眼药水可以缓解炎症和减轻症状。
3.就医治疗：如果宝宝的眼睛症状持续不缓解或加重，或者出现其他异常症状，如红肿、疼痛、视力问题等，应及时就医。医生会进行详细的眼部检查，并根据具体情况制定相应的治疗方案。
4.注意护理：保持宝宝的眼部清洁，避免使用刺激性的物品接触宝宝的眼睛。给宝宝洗脸时，使用温水和柔软的毛巾，避免让宝宝接触过敏原。
5.遵循医生的建议：在治疗过程中，要遵循医生的建议，按时使用药物，注意观察宝宝的症状变化，并按照医生的要求进行复诊。
需要注意的是，对于三个月大的宝宝，眼睛问题可能需要特别关注。如果对宝宝的眼睛症状有任何疑虑，最好咨询专业的儿科医生或眼科医生的意见。他们能够根据宝宝的具体情况进行准确的诊断和提供适当的治疗建议。