早上起来咳嗽厉害可能由急性咽炎、肺炎、支气管扩张症等引起，患者需根据具体情况进行药物或手术治疗。具体如下：
一、急性咽炎：主要因病毒或细菌感染导致。患者常出现咽部干燥、发痒症状，早上起来受到冷空气刺激后易引发咳嗽。治疗方面，需遵医嘱使用阿昔洛韦等抗病毒药物，或青霉素等抗生素药物。
1.病毒感染：一般使用阿昔洛韦等药物来抑制病毒复制。
2.细菌感染：常用青霉素等药物来杀灭细菌。
二、肺炎：由细菌、病毒等病原体引发肺部感染。患者会有咳嗽、咳痰等表现，从而呈现早上起来咳嗽厉害的情况。治疗时要在医生指导下使用多西环素、阿奇霉素等药物。
1.多西环素：可用于特定细菌感染引起的肺炎。
2.阿奇霉素：对某些肺炎病原体有较好疗效。
三、支气管扩张症：多因支气管阻塞、呼吸道感染等造成。患者通常会有持续或反复咳嗽症状，也会在早上表现为咳嗽厉害。患者需遵医嘱使用盐酸氨溴索、阿莫西林等药物，严重者还需进行支气管动脉栓塞术等手术治疗。
1.盐酸氨溴索：有助于痰液排出。
2.阿莫西林：可起到抗感染作用。
总之，在出现早上起来咳嗽厉害的情况时，必须高度重视，尽快前往医院进行检查和治疗，以便明确原因并采取合适的治疗措施。