头皮毛囊炎常用的治疗药物有抗生素类药物等，一般局部外用莫匹罗星软膏等可能比较有效，通常连续使用数天可能会看到改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，能抑制细菌生长，对革兰阳性球菌有很好的抗菌活性，可用于治疗细菌感染引起的头皮毛囊炎，直接涂抹在患处，一般每天使用2 - 3次。夫西地酸乳膏： 也是外用抗生素，对引起头皮毛囊炎的常见细菌有良好的抗菌作用，局部涂抹后能有效减轻炎症反应，使用时均匀涂抹于患处皮肤。
抗真菌类药物
酮康唑洗剂： 如果头皮毛囊炎是由真菌感染引起，酮康唑洗剂有一定效果。它可以抑制真菌的生长繁殖，一般每周使用2 - 3次，取适量洗剂涂抹在头皮上，按摩几分钟后冲洗干净。特比萘芬乳膏： 适用于真菌感染导致的头皮毛囊炎，能干扰真菌固醇的合成，发挥抗真菌作用，局部涂抹在患处，一天使用1 - 2次。
其他辅助药物
碘酊： 具有消毒杀菌的作用，对于一些轻度的头皮毛囊炎，可以用棉签蘸取少量碘酊涂抹在患处，但要注意碘酊对皮肤有一定刺激性，敏感皮肤慎用。鱼石脂软膏： 有消肿、消炎的作用，当头皮毛囊炎出现红肿、疼痛等症状时，可适量涂抹鱼石脂软膏，促进炎症消退，但使用时要避免接触眼睛和其他黏膜。在使用药物治疗头皮毛囊炎时，要注意保持头皮清洁卫生，避免搔抓头皮，防止感染扩散。如果头皮毛囊炎症状严重或持续不缓解，应及时就医，在医生的指导下调整治疗方案。同时，不同原因引起的头皮毛囊炎可能需要不同的药物治疗，所以要明确病因后再合理用药。