吃一次紧急避孕药一般不会造成严重且不可逆的危害，但可能会带来一些短期的影响。比如，约有10%的人吃了紧急避孕药后会出现撤退性出血，通常出血量不多，时间也较短。
对月经周期的影响
月经提前或推迟： 紧急避孕药含有大量孕激素，服用后可能会干扰正常的内分泌功能，导致月经周期发生改变。一般来说，可能会使月经提前3 - 7天或者推迟3 - 7天，但大部分人在1 - 2个月经周期后会逐渐恢复正常的月经节律。经量变化： 少数人吃了紧急避孕药后，经量可能会有所减少或者增多，但通常这种经量的改变也多是短期的，不用过于紧张。
对胃肠道的影响
恶心呕吐： 约有5% - 10%的人吃紧急避孕药后会出现恶心的症状，少数人还可能会伴有呕吐。一般来说，这种胃肠道反应多在服药后的1 - 2天内出现，而且大多比较轻微，不需要特殊处理，可自行缓解。食欲变化： 个别人可能会出现食欲减退的情况，但这种情况也不会持续很长时间，通常在停药后会逐渐恢复正常的食欲。
对身体其他方面的影响
头晕乏力： 部分人吃了紧急避孕药后会有头晕、乏力的感觉，一般程度较轻，多在服药后数小时内出现，经过适当休息后大多能缓解。乳房胀痛： 少数人可能会出现乳房胀痛的现象，这是因为药物影响了体内激素水平，导致乳房出现暂时性的不适，一般在几天内会自行消失。不过，紧急避孕药不能作为常规避孕方法，一个月经周期内最好只吃一次，一年中服用次数也不宜超过3次。如果在服用紧急避孕药后出现严重的不适症状，如剧烈呕吐、持续阴道大量出血等，应及时就医。