如果出现月经过后肚子疼、腰疼等症状，可能是由妇科疾病、泌尿系统疾病、消化系统疾病等导致的。女性切不可擅自用药以免加重病情，而应及时就医，经医生检查明确原因后进行相应治疗。
一、妇科疾病：
1.盆腔炎：若盆腔存在炎症，会致使盆腔内充血、水肿，进而引起下腹部疼痛，当炎症波及子宫底韧带时，也会引发腰疼，从而可能表现为月经过后肚子疼、腰疼，同时伴有阴道分泌物增多。经过妇科检查可明确诊断。在没有药物过敏的情况下，可在医生指导下使用头孢呋辛酯和甲硝唑联合用药进行治疗，待临床症状消失后可到医院复查。
2.宫颈炎：当宫颈局部有慢性炎症且未积极治疗时，可能发生逆行感染波及子宫骶韧带，导致下腹部疼痛、腰骶部疼痛，也可能呈现月经过后肚子疼、腰疼的情况，还可能出现黏稠分泌物以及少量阴道出血。通过妇科检查明确诊断后，医生可能会给予左氧氟沙星和甲硝唑等药物治疗宫颈炎。
3.妇科肿瘤：如子宫肌瘤或卵巢肿瘤等，随着瘤体增大，因局部受到压迫，会逐渐出现下腹部疼痛及腰骶部疼痛，有时会表现为月经过后肚子疼、腰疼。通过妇科以及B超检查可明确诊断。若肿瘤直径＞5cm，建议考虑手术治疗；在排除癌变的情况下，也可保守治疗，并定期进行B超检查。
二、泌尿系统疾病：
1.输尿管炎症或结石：可能产生刺激，导致月经过后肚子疼、腰疼，还可能伴有尿频、尿急、尿痛以及肉眼血尿等情况。当结石活动时，尤其是肾结石，多会引起腰部放射性疼痛，而肾脏局部受炎症刺激也会引发腰疼。通过尿常规检查和B超检查可明确诊断，应到专科进行治疗。
三、消化系统疾病：
1.消化不良、肠炎、肠道肿瘤等：可能引起下腹部疼痛、腰骶部疼痛，同时伴有大便性状改变及大便次数增加等症状，主要是因为胃肠道炎症会使肠蠕动增加，以及肠道肿瘤较大时都可能刺激后腹膜，从而有时表现为月经过后肚子疼、腰疼。建议到内科进行治疗。
总之，月经过后出现肚子疼、腰疼等异常症状，原因较为复杂多样，一定要及时就医检查，明确具体原因后采取针对性的治疗措施，以保障身体健康。