肺栓塞主要是由于各种栓子阻塞肺动脉或其分支引起的。一般来说，血液中形成的血栓是导致肺栓塞最常见的原因，大约90%的肺栓塞由深静脉血栓脱落后随血流到达肺部引起。
血液高凝状态导致血栓形成
创伤或手术： 当人体遭受重大创伤，如骨折、大面积烧伤等，或者进行大手术（尤其是骨科、妇产科等手术）后，血液的高凝状态会明显增加，这时候容易形成血栓。例如，骨折患者在骨折后的1 - 2周内，血液处于高凝状态的风险较高，因为创伤会释放一些促凝物质，同时活动减少也不利于血液流动，容易形成血栓。恶性肿瘤： 患有恶性肿瘤的患者也是肺栓塞的高危人群。肿瘤细胞会释放一些物质，促使血液更容易凝固，从而形成血栓。像肺癌、胰腺癌等患者，发生肺栓塞的几率比正常人要高很多。肿瘤患者血液中的凝血因子水平往往会升高，导致血液处于高凝状态。
静脉血流淤滞因素
长期卧床： 长期卧床的人群，比如因伤病需要长时间卧床休息的患者，由于下肢活动减少，静脉血流速度减慢，血液容易在静脉内淤积，进而形成血栓。一般来说，长时间卧床超过3天，静脉血栓形成的风险就会明显增加。例如，一些中风后长期卧床的患者，就容易出现下肢深静脉血栓，进而可能脱落导致肺栓塞。久坐不动： 现在很多人工作性质导致久坐不动，比如长时间乘坐飞机、汽车旅行的人，长时间坐着工作的办公室人群等。长时间坐着会使下肢静脉回流受阻，血流缓慢，增加了血栓形成的可能性。像乘坐长途飞机超过4小时，就会明显增加下肢深静脉血栓形成的风险，之后血栓脱落就可能引发肺栓塞。
血管内皮损伤因素
血管炎： 血管炎是一种自身免疫性疾病，会损伤血管内皮。例如，贝赫切特综合征等血管炎疾病，会导致血管内皮受损，使血管壁的抗凝作用减弱，更容易形成血栓。血管炎患者的血管内皮细胞受到炎症的攻击，变得不完整，血液中的血小板等容易在受损部位聚集，形成血栓。静脉导管留置： 长期留置静脉导管的患者，静脉导管会对血管内皮造成损伤。比如一些长期需要静脉营养支持或者需要长期输液的患者，留置静脉导管的部位容易发生血管内皮损伤，从而诱发血栓形成。静脉导管作为异物留在血管内，会刺激血管内皮，引起炎症反应，促使血栓形成。