男性衣原体感染后，常见的症状有尿道不适等表现。一般来说，男性衣原体感染可能出现以下情况。
尿道局部症状
尿道刺痒： 患者会感觉尿道内有轻微的刺痒感，这种感觉可能会持续存在，时轻时重。比如有的患者会描述尿道像有小虫子在爬的那种轻微瘙痒感。尿道分泌物： 部分患者会出现尿道分泌物，分泌物一般比较稀薄，呈清稀状或者稍微有点浑浊。有的患者早晨起床时会发现尿道口有少量黏液性分泌物，黏附在尿道口上。
排尿相关症状
尿频： 相比正常情况，患者会出现排尿次数增多的现象。可能原本一天排尿几次，感染后可能增加到5 - 6次甚至更多，但每次尿量可能不多。尿急： 有强烈的排尿欲望，很难控制。比如正在做其他事情时，突然就有很急迫的排尿感，需要马上找到厕所排尿。尿痛： 排尿时尿道会有疼痛感觉，疼痛程度因人而异，有的是轻微的刺痛，有的可能比较明显。在排尿开始时或者排尿结束时疼痛可能更明显。
其他可能症状
附睾炎： 少数男性衣原体感染患者可能会并发附睾炎，表现为附睾部位疼痛、肿胀，触摸时疼痛明显。附睾会有不同程度的肿大，皮肤可能会有轻微红肿现象。前列腺炎： 部分患者还可能出现前列腺炎相关表现，比如会阴部坠胀不适，下腹部也可能有隐隐的胀痛感，同时可能伴有排尿不尽感等。