治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等。一般来说，局部外用抗生素类药膏对多数毛囊炎有较好效果。比如莫匹罗星软膏，它是一种常见的外用抗生素，能抑制细菌生长，从而帮助治疗毛囊炎。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等导致的毛囊炎有一定疗效。它可以直接涂抹在毛囊炎的患处，起到杀菌消炎的作用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如葡萄球菌等有良好的抗菌活性。能通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥抗菌作用，涂抹后有助于减轻毛囊炎部位的红肿、疼痛等症状。
系统应用抗生素
头孢类抗生素： 如果毛囊炎比较严重，或者是多发性毛囊炎，可能需要口服头孢类抗生素。但使用头孢类药物前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。一般头孢类药物通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，从而控制毛囊炎的感染情况。不过口服头孢类药物需要在医生的指导下使用，因为要根据患者的具体病情来决定剂量等。青霉素类抗生素： 对于青霉素不过敏的患者，青霉素类抗生素也可用于治疗较为严重的毛囊炎。它同样是通过干扰细菌细胞壁的合成来达到杀菌的目的，帮助改善毛囊炎的症状。但使用前必须进行青霉素皮试，确保不过敏才能使用。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，就需要使用抗真菌类药物。酮康唑乳膏可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长和繁殖，从而治疗由真菌感染引起的毛囊炎。特比萘芬乳膏： 也是常用于治疗真菌性毛囊炎的药物，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成，进而发挥抗真菌作用，缓解因真菌感染引发的毛囊炎症状。