毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏，对于革兰阳性球菌引起的毛囊炎有较好的抗菌作用，通常连续使用几天可见效。
外用抗菌药物选择
莫匹罗星软膏：适用于细菌感染引起的毛囊炎，直接涂抹在患处，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌功效。一般每天涂抹2 - 3次。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，涂抹后可渗透进入皮肤，发挥杀菌作用，每天使用2 - 3次。
外用抗真菌药物情况
酮康唑乳膏：如果是真菌感染导致的毛囊炎，使用该乳膏有效。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长繁殖，一般每天外用1 - 2次。特比萘芬乳膏：同样用于真菌感染引起的毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用，每天涂抹1 - 1次即可。
口服药物的应用
抗生素类口服药：当毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会使用口服抗生素。比如头孢类抗生素，像头孢氨苄等，可用于治疗细菌感染引起的中重度毛囊炎，但使用前需确认患者不对头孢类药物过敏。抗真菌类口服药：如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能会用到口服抗真菌药，如伊曲康唑，但伊曲康唑对肝脏有一定影响，使用前需要检查肝功能，并且要在医生的严格指导下使用，因为它有特定的适应证和禁忌证。
注意事项方面
皮肤清洁：无论使用哪种药物治疗毛囊炎，都要注意保持皮肤清洁卫生，每天用温水清洗患处附近的皮肤，但要避免过度清洁，以免损伤皮肤屏障。饮食调整：在治疗期间，要注意饮食清淡，少吃辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，这些食物可能会加重毛囊炎的症状，一般建议多吃蔬菜水果，保持饮食均衡。避免挤压：千万不要用手去挤压毛囊炎的患处，尤其是面部危险三角区的毛囊炎，挤压可能会导致感染扩散，引起更严重的后果。