肥厚性心肌病主要是由遗传因素引起的，约60%的患者有家族遗传史，呈常染色体显性遗传。
遗传因素导致
基因变异作用：肥厚性心肌病的发生与多个基因的变异相关，比如肌小节蛋白相关基因，像β-肌球蛋白重链基因、肌钙蛋白T基因等发生突变时，就可能影响心肌细胞的结构和功能，进而引发肥厚性心肌病。例如，β-肌球蛋白重链基因的某些突变会使心肌细胞的收缩蛋白功能异常，导致心肌肥厚。家族遗传模式：如果家族中有肥厚性心肌病患者，其直系亲属患病风险会显著增加。据统计，有家族遗传背景的人群中，患肥厚性心肌病的概率比普通人群高很多。而且遗传方式为常染色体显性遗传，也就是说只要携带致病基因就有可能发病，不过不同个体发病的表现和严重程度可能有所不同。
其他可能相关因素
内分泌紊乱影响：一些内分泌因素也可能参与肥厚性心肌病的发生。比如甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会影响心肌的代谢和功能，长期的甲状腺激素异常可能导致心肌肥厚，增加患肥厚性心肌病的风险。另外，肾上腺素能系统的异常激活也可能对心肌产生影响，促使心肌肥厚的发生发展。不良生活方式关联：虽然不是直接的致病原因，但不良生活方式可能会加重病情或影响发病。长期高强度的体力劳动、过度运动如果超出身体承受范围，可能会对心脏造成额外负担，对于有遗传易感性的人来说，可能增加肥厚性心肌病的发病风险。还有长期大量吸烟、酗酒等不良习惯，会损害心血管系统，影响心肌的正常功能，间接与肥厚性心肌病的发生有一定关联。疾病诱发情况：某些疾病也可能诱发肥厚性心肌病。比如结缔组织病，像马方综合征等，这类疾病会影响全身的结缔组织，包括心脏的结缔组织，从而导致心肌结构异常，引发肥厚性心肌病。另外，某些代谢性疾病，如糖原贮积症等，也可能因为心肌代谢异常而出现心肌肥厚，进而发展为肥厚性心肌病。