肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因直肠肛管周围脓肿自行破溃或切开引流后演变而来。
肛瘘形成的感染因素
肛腺感染： 肛腺开口于直肠肛管交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌侵入而引发感染。感染可蔓延至肛腺，导致肛腺炎，炎症经淋巴管扩散，就可能形成肛管直肠周围脓肿，若脓肿自行破溃或切开引流不彻底，就容易发展为肛瘘。一般来说，约80%的肛瘘与肛腺感染有关。直肠肛管损伤： 外伤、吞咽骨头、误吞金属异物等导致直肠肛管损伤，细菌侵入伤口后也可能引发感染，进而形成肛瘘。比如，肛门直肠部受到硬物撞击等外伤后，细菌趁机进入，若感染未得到有效控制，就有形成肛瘘的风险。
特定人群易患肛瘘的情况
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染，且感染后不易恢复，发生肛瘘的几率相对较高。据统计，糖尿病患者患肛瘘的概率比正常人高2 - 3倍。肛周皮肤病患者： 患有肛周湿疹、银屑病等肛周皮肤病的人，皮肤屏障功能受损，细菌更容易侵入肛周组织，增加了肛瘘的发病风险。例如，肛周湿疹患者若搔抓皮肤导致破损，就为细菌感染提供了途径，进而可能引发肛瘘。
其他相关因素
不良生活习惯： 长期久坐、便秘或腹泻等不良生活习惯也与肛瘘的形成有关。久坐会影响肛周血液循环，便秘时排便用力会增加肛管直肠压力，容易损伤肛窦，腹泻时肠道细菌容易侵入肛窦引发炎症，这些都可能促使肛瘘的发生。比如，每天久坐超过8小时，且长期便秘的人，患肛瘘的可能性比生活习惯规律的人要大。肛门直肠手术史： 曾接受过肛门直肠手术的人，如内痔手术、肛瘘手术等，若手术过程中处理不当，或者术后恢复不佳，也可能引发肛瘘。例如，内痔手术时若损伤了肛管直肠组织，就可能导致感染，进而形成肛瘘。