扁桃体红肿多由病原微生物感染引起，其中最常见的是乙型溶血性链球菌，约占病原微生物感染的60%左右。
一、感染性因素
细菌感染：
A组乙型溶血性链球菌： 这是引发扁桃体红肿最常见的细菌病原体。当人体抵抗力下降时，如受凉、劳累后，这种细菌容易侵入扁桃体，导致扁桃体充血、肿胀，还可能伴有咽痛、发热等症状。比如在学校等人群密集场所，儿童容易通过飞沫传播感染该细菌，引发扁桃体红肿。葡萄球菌： 金黄色葡萄球菌也可导致扁桃体红肿，它引起的炎症反应可能使扁桃体表面出现脓性分泌物，炎症相对较重，患者除了扁桃体红肿外，全身症状可能更明显，如高热等。
病毒感染：
腺病毒： 腺病毒感染是引起扁桃体红肿的常见病毒原因之一。感染腺病毒后，扁桃体红肿可能伴随咳嗽、流涕、眼睛发红等症状，多见于冬春季节，在幼儿园等儿童聚集处易传播。EB病毒： 感染EB病毒也会导致扁桃体红肿，还常伴有发热、淋巴结肿大、肝脾肿大等表现，传染性单核细胞增多症就是由EB病毒感染引起，其中扁桃体红肿是较为典型的症状之一。
二、非感染性因素
过敏反应：
食物过敏： 有些人食用特定食物后可能引发过敏，导致扁桃体红肿。例如对某些坚果、海鲜等过敏的人群，进食后免疫系统被激活，可能出现扁桃体的变态反应性红肿，同时可能伴有皮肤瘙痒、皮疹等其他过敏表现。药物过敏： 某些人使用特定药物后可能发生过敏，引起扁桃体红肿。比如抗生素类药物，像青霉素类药物，少数人使用后会出现过敏反应，除了扁桃体红肿外，可能有呼吸困难、皮疹等严重过敏表现，需立即停药并就医。
不良生活习惯：
长期吸烟： 烟草中的尼古丁等有害物质长期刺激扁桃体及咽喉部黏膜，会使扁桃体黏膜充血，久而久之容易出现红肿情况。长期吸烟者患扁桃体慢性炎症的概率比不吸烟者高很多，而且吸烟还会降低人体免疫力，增加感染风险，进一步加重扁桃体红肿的可能性。过度用嗓： 教师、歌手等长期过度用嗓的人群，扁桃体长期处于高负荷工作状态，容易导致局部充血、红肿。比如一位每天授课时间很长的老师，连续长时间讲课可能会出现扁桃体红肿，进而引发咽部不适等症状。