扁桃体红肿多由感染因素引起，其中最常见的是病毒感染，像甲型流感病毒、乙型流感病毒等感染，有数据显示，儿童扁桃体红肿约40% - 50%是由病毒感染导致；细菌感染也是常见原因，A组乙型溶血性链球菌是引发细菌性扁桃体红肿的主要致病菌。
病毒感染引发
病毒性感冒导致：当人体感染病毒性感冒时，病毒会侵袭扁桃体部位，引发炎症反应，出现红肿现象。除了扁桃体红肿，还常伴有流涕、咳嗽、发热等症状，一般病程在1 - 2周左右，不过具体时间因个体差异和病毒类型有所不同。EB病毒感染：EB病毒感染也可能引起扁桃体红肿，患者除了扁桃体红肿外，还可能有发热、咽痛、颈部淋巴结肿大等表现，部分患者外周血中会出现异型淋巴细胞。
细菌感染引发
链球菌感染：A组乙型溶血性链球菌感染是细菌性扁桃体红肿的常见原因。患者扁桃体红肿较为明显，可能有化脓现象，同时伴有高热，体温可达到39℃甚至更高，还会有头痛、乏力等全身症状，若不及时治疗，可能引发风湿热、肾小球肾炎等并发症。葡萄球菌感染：金黄色葡萄球菌等葡萄球菌感染也可能导致扁桃体红肿，感染后扁桃体红肿、疼痛，严重时会影响吞咽功能。
其他因素引发
免疫力低下：当人体免疫力低下时，比如长期劳累、营养不良等情况，更容易受到病原体侵袭，从而引发扁桃体红肿。例如，长期挑食导致维生素C摄入不足的人群，免疫力相对较低，就较易出现扁桃体红肿问题。环境因素：长期处于空气污染严重的环境中，或者接触刺激性气体、粉尘等，也可能刺激扁桃体，导致其红肿。比如在工厂附近工作的人，长期吸入粉尘，扁桃体受刺激后红肿的概率会增加。