扁桃体肿大主要由以下几类原因引起。首先是感染因素，其中最常见的是急性扁桃体炎反复发作，比如乙型溶血性链球菌是常见的致病菌，这种感染若没有得到彻底控制，就容易导致扁桃体反复发炎肿大，儿童和青少年相对更易频繁发生这类感染从而引发扁桃体肿大。
感染因素导致
细菌感染： 像A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体肿大很常见的细菌病原体，当人体抵抗力下降时，这种细菌容易侵入扁桃体，引发炎症反应，使得扁桃体充血、肿胀。此外，葡萄球菌等细菌也可能导致扁桃体感染肿大。病毒感染： 例如EB病毒、腺病毒等感染也会引起扁桃体肿大。其中EB病毒感染除了导致扁桃体肿大外，还可能伴有发热、咽痛、颈部淋巴结肿大等表现，腺病毒感染引发的扁桃体肿大也较为常见，往往会伴随上呼吸道感染的一系列症状。
免疫因素相关
当人体的免疫系统出现异常时，也可能导致扁桃体肿大。比如自身免疫性疾病，免疫系统错误地攻击扁桃体组织，引发炎症反应，使得扁桃体持续肿大。不过这种情况相对感染因素导致的扁桃体肿大发生率要低一些，但也是引发扁桃体肿大的一个原因。
其他因素影响
邻近器官炎症蔓延： 比如鼻腔、鼻窦的炎症，像鼻窦炎，炎症可蔓延至扁桃体，引起扁桃体肿大。还有咽部邻近的组织器官，如喉部的炎症也可能波及扁桃体，导致其肿大。不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒会刺激扁桃体，降低扁桃体的抵抗力，容易引发扁桃体肿大。另外，长期食用辛辣、刺激性食物，也会对扁桃体产生刺激，增加扁桃体肿大的风险。比如长期每天大量吸烟的人，其扁桃体受到的刺激较大，发生肿大的几率比不吸烟的人要高。