扁桃体肿大主要是由病原微生物感染和自身免疫因素等引起。比如，急性扁桃体炎多由乙型溶血性链球菌感染所致，这种情况较为常见，儿童在学龄前及学龄期更容易发生。
一、病原微生物感染因素
病毒感染： 多种病毒都可引发扁桃体肿大，其中最常见的是腺病毒，约有10%-15%的扁桃体炎是由腺病毒引起的。另外，EB病毒也可能导致扁桃体明显肿大，在传染性单核细胞增多症中较为常见。细菌感染： 乙型溶血性链球菌是引发扁桃体肿大的主要细菌病原体。当人体抵抗力下降时，链球菌容易侵入扁桃体引发炎症，导致扁桃体红肿、疼痛甚至肿大。例如，在儿童群体中，由链球菌引起的扁桃体炎较为多见，大约占细菌性扁桃体炎的80%左右。
二、自身免疫因素
当人体自身免疫系统出现异常时，也可能导致扁桃体肿大。比如，自身免疫性疾病可能会错误地攻击扁桃体组织，引起扁桃体的免疫性炎症反应，进而出现肿大情况。不过这种情况相对病毒和细菌感染来说比例较低，但也不容忽视。
三、其他因素
邻近器官炎症蔓延： 比如鼻腔、鼻窦的炎症可蔓延至扁桃体，引起扁桃体肿大。像鼻窦炎患者，如果炎症没有得到有效控制，炎症因子可能会波及扁桃体，导致扁桃体发生炎症反应而肿大。不良生活习惯： 长期吸烟、酗酒会刺激扁桃体，降低扁桃体的抵抗力，容易引发扁桃体肿大。另外，长期处于空气污染严重的环境中，也会增加扁桃体肿大的风险。比如，长期吸烟的人，其扁桃体受到烟雾中有害物质的刺激，发生炎症肿大的几率比不吸烟者高很多。