胃肠功能紊乱可使用调节胃肠动力药、调节肠道菌群药等，具体药物需根据病情选择。一般来说，常用的调节胃肠动力药有多潘立酮等，调节肠道菌群药有双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，它主要是通过阻断多巴胺受体，增强胃肠道蠕动。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可用于改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的胃肠功能紊乱，它通过刺激5-羟色胺4受体，促进乙酰胆碱释放，从而增强胃肠动力。但对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱。不过，应避免与抗菌药物同时服用，如需服用，需间隔2-3小时。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可调整肠道菌群，对肠道菌群失调引起的肠功能紊乱有一定的调节作用。服用时应避免与抗菌药物同服，若必须服用，需间隔3小时左右。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，使用时可能会出现头痛、腹泻等不良反应。兰索拉唑： 同样是质子泵抑制剂，可抑制胃酸分泌，用于治疗胃肠功能紊乱相关的胃酸过多病症。对兰索拉唑过敏者、正在服用硫酸阿扎那韦的患者禁用，使用过程中要注意可能出现的皮疹、瘙痒等不良反应。