甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是最常见的原因，约占85%以上。比如自身免疫性甲状腺炎，像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），它会攻击甲状腺组织，影响甲状腺激素的正常合成。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎：除了慢性淋巴细胞性甲状腺炎外，还有萎缩性甲状腺炎等自身免疫性甲状腺炎也会引发甲状腺功能减退。这些疾病导致体内产生攻击甲状腺的抗体，破坏甲状腺细胞，使得甲状腺激素分泌不足。
甲状腺破坏
放射性碘治疗：在治疗甲状腺功能亢进时，若放射性碘使用剂量不当，过量的放射性物质会破坏甲状腺组织，从而引起甲状腺功能减退。一般在放射性碘治疗后数月至数年可能逐渐出现甲状腺功能减退的情况。手术切除甲状腺：因甲状腺肿瘤等疾病进行甲状腺部分或全部切除手术时，如果切除的甲状腺组织过多，剩余的甲状腺组织不能满足身体对甲状腺激素的需求，就会引发甲状腺功能减退。
碘摄入异常
碘缺乏：在一些碘缺乏地区，人体摄入碘不足，会影响甲状腺激素的合成。因为碘是合成甲状腺激素的重要原料，长期碘缺乏会导致甲状腺功能减退。例如一些远离海洋且土壤中碘含量低的地区，居民患甲状腺功能减退的风险相对较高。碘过量：短期内大量摄入碘，也可能影响甲状腺功能，导致甲状腺功能减退。比如长期服用含碘药物，像胺碘酮等，可能会引起甲状腺功能异常，出现甲状腺功能减退。