睡起来腰两侧酸痛不一定是肾脏问题，还可能由腰部着凉、睡姿不当、腰肌劳损、腰椎间盘突出等多种原因引发。
一、腰部着凉：睡觉时如果腰部受寒，会导致腰部肌肉痉挛，从而在睡醒后出现腰两侧疼痛。
二、睡姿不当：比如长时间保持不恰当的睡姿，可能使腰部软组织拉伤，形成无菌性炎症，进而引发腰肌劳损，在睡醒后就会有腰两侧酸痛感。
三、腰肌劳损：坐姿不当等原因导致腰部软组织受损，形成腰肌劳损后，晚上睡觉长时间保持同一姿势，也会让睡醒后的腰部疼痛明显。
四、腰椎间盘突出：患有腰椎间盘突出症时，腰背部本就有明显疼痛，睡觉时周围肌肉处于紧张状态，睡醒后疼痛会更突出。
五、肾脏相关问题：像肾囊肿、肾积水、肾结石等疾病，睡觉时腰部受到挤压，局部组织受刺激，可能会使末稍神经产生刺激性疼痛症状。还有房劳过度、久病体虚导致肾虚时，也会有腰酸背痛表现，但中医的肾虚与西医的肾脏病变并不完全相同。
总之，睡起后出现腰两侧酸痛的原因众多，要注意仔细分辨，以便采取正确的应对措施。