小肠炎的症状多样，常见的有腹痛，一般疼痛部位多在脐周，疼痛程度不一，有的是隐痛，有的可能较为剧烈。腹泻也是常见症状，每天腹泻次数可能在数次到十余次不等，大便性状可为稀水样便、黏液便甚至脓血便。
腹痛表现
腹部隐痛： 这种隐痛可能会持续存在，时轻时重，患者可能感觉腹部有隐隐的不适感，一般不会突然加剧，但会影响日常的舒适感。阵发性绞痛： 有时会出现阵发性的绞痛，这是因为肠道平滑肌痉挛引起的，疼痛会突然发作，然后又有所缓解，如此反复。
腹泻特点
大便次数增多： 每天腹泻次数明显多于平常，比如原本一天一次大便，现在可能变成3 - 5次甚至更多。大便性状改变： 可能出现稀水样便，大便像水一样稀薄；也可能是黏液便，大便中带有较多黏液；严重时还可能出现脓血便，大便里能看到明显的黏液和血液。
其他伴随症状
发热： 部分小肠炎患者会出现发热症状，体温可能会升高，一般在37.5℃ - 38.5℃左右，少数严重的可能会超过38.5℃。恶心呕吐： 有些患者会伴有恶心，甚至出现呕吐的情况，呕吐物多为胃内容物。乏力消瘦： 如果小肠炎持续时间较长，患者可能会出现乏力的感觉，因为身体处于消耗状态，还可能会有消瘦的表现，体重会逐渐下降。