扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致分泌物堆积、钙化形成的。一般来说，扁桃体隐窝口堵塞是关键因素，而这可能与多种情况相关。
一、扁桃体自身结构因素
扁桃体隐窝过深： 人的扁桃体表面有许多深浅不一的隐窝，当隐窝过深时，脱落的上皮细胞、细菌、食物残渣等容易积聚在隐窝内。据统计，约有30%的人扁桃体隐窝相对较深，更容易发生结石堆积。例如，一些人的扁桃体隐窝深度超过2毫米，就比隐窝较浅的人更易出现结石问题。隐窝引流不畅： 扁桃体隐窝的正常引流需要依靠上皮细胞的纤毛运动等功能来推动分泌物排出。如果因为炎症等原因导致纤毛运动减弱，分泌物就难以顺利排出，从而在隐窝内滞留。比如患有扁桃体炎时，炎症会影响纤毛的正常功能，使得引流受阻，增加了扁桃体结石形成的概率。
二、细菌感染因素
细菌滋生： 口腔内存在大量细菌，当细菌在扁桃体隐窝内滋生繁殖时，会与脱落的上皮细胞、黏液等混合形成团块。常见的参与扁桃体结石形成的细菌有链球菌等。研究发现，在有扁桃体结石的患者隐窝内，链球菌的数量明显高于没有结石的扁桃体隐窝。细菌代谢产物作用： 细菌在隐窝内代谢产生的一些物质会促进钙盐等的沉积。细菌产生的某些酶类可能会改变局部的酸碱度和化学环境，使得钙、镁等矿物质更容易析出并沉积在隐窝内的堆积物中，逐渐形成坚硬的结石。
三、饮食生活习惯因素
食物残渣残留： 日常生活中，如果经常吃一些黏稠、容易残留的食物，比如糯米类食物、油炸食品等，容易在扁桃体隐窝内残留。比如吃了糯米团后，部分黏性物质可能会黏附在扁桃体隐窝内，为结石形成提供了物质基础。有调查显示，经常吃黏性食物的人群，扁桃体结石发生率比很少吃这类食物的人群高约20%。口腔卫生不佳： 不注重口腔清洁，口腔内细菌数量会增多，同时食物残渣也容易残留。长期口腔卫生差的人，如不每天按时刷牙、漱口，扁桃体隐窝内更易堆积污垢，进而增加扁桃体结石形成的风险。例如，每天不认真刷牙的人，扁桃体结石发生的可能性比每天有效刷牙的人高出约40%。