扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致脱落的上皮细胞、细菌、食物残渣等物质堆积钙化形成的。一般来说，扁桃体隐窝口堵塞是关键因素，当隐窝口堵塞后，里面的物质就难以排出，逐渐形成结石。
一、扁桃体隐窝结构因素
隐窝过深： 人的扁桃体表面有很多深浅不一的隐窝，部分人的扁桃体隐窝比较深，深度可达2 - 3毫米。这种较深的隐窝更容易让脱落的上皮细胞、细菌等物质残留其中。比如，当吞咽食物时，一些小的颗粒可能就会卡在这些较深的隐窝里。隐窝分泌物引流不畅： 正常情况下，扁桃体隐窝会有少量分泌物来起到清洁等作用，但如果因为炎症等原因，导致分泌物引流不畅，就容易使物质堆积。例如，当扁桃体受到细菌感染引发炎症时，隐窝的分泌物排出会受到影响，进而为结石形成创造条件。
二、细菌感染因素
细菌滋生： 口腔内存在大量细菌，当扁桃体部位发生细菌感染时，细菌会在扁桃体隐窝内大量繁殖。像链球菌、葡萄球菌等常见细菌，它们在隐窝内繁殖过程中，会参与到结石物质的形成中。比如，链球菌在隐窝内生长时，会产生一些黏性物质，这些黏性物质会黏附其他物质。炎症刺激： 细菌感染引发的炎症会进一步刺激扁桃体隐窝。炎症会使隐窝上皮细胞的代谢发生变化，导致更多的上皮细胞脱落。同时，炎症还会影响隐窝的正常功能，使得物质更易堆积。例如，长期的扁桃体炎患者，其扁桃体隐窝内更容易出现结石，就是因为炎症的持续刺激。
三、饮食生活习惯因素
饮食残渣残留： 日常生活中，很多人在进食后，食物残渣容易残留在扁桃体隐窝中。比如吃一些纤维较多的食物，像芹菜、玉米等，很容易有残渣卡在隐窝里。如果不及时清洁口腔，这些残渣就会长期留在隐窝内，时间久了就可能与其他物质一起形成结石。口腔卫生不佳： 不注重口腔卫生的人，口腔内细菌数量会明显增多。比如不经常刷牙、漱口，口腔中的细菌、食物残渣等更容易在扁桃体隐窝处堆积。研究发现，每天刷牙少于2次的人，扁桃体结石的发生率比每天刷牙2次以上的人要高约30%。