扁桃体结石通常是由食物残渣、细菌、死细胞等物质沉积在扁桃体隐窝内，逐渐钙化形成的。一般来说，以下几方面因素容易引发扁桃体结石。
扁桃体隐窝结构因素
扁桃体隐窝较深： 人的扁桃体表面有许多小隐窝，正常情况下这些隐窝比较浅且通畅，但如果隐窝较深，就容易使脱落的上皮细胞、细菌等物质积聚在里面。据统计，约有10%的人扁桃体隐窝相对较深，增加了扁桃体结石的发生风险。分泌物排出不畅： 扁桃体不断产生分泌物，正常时这些分泌物能通过隐窝口顺利排出，但当隐窝口因炎症等原因变得狭窄或阻塞时，分泌物就难以排出，从而为结石形成创造条件。比如，当发生扁桃体炎时，隐窝口周围组织肿胀，更易导致分泌物潴留。
口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 长期不刷牙、不漱口，口腔内会残留大量食物残渣。这些食物残渣容易进入扁桃体隐窝，为细菌滋生提供养分，进而促进结石形成。研究发现，每天刷牙少于2次的人，扁桃体结石发生率比每天刷牙3次及以上的人高约2倍。细菌感染影响： 口腔内的细菌，如链球菌等，会参与结石的形成过程。细菌分解食物残渣产生一些物质，与脱落的上皮细胞等混合，逐渐形成结石核心，然后不断有物质沉积其上，最终形成可见的扁桃体结石。
年龄与体质因素
青少年易患： 青少年时期扁桃体相对较活跃，分泌功能旺盛，且这个阶段口腔卫生维护可能不够理想，所以扁桃体结石在13 - 30岁的人群中相对常见。有调查显示，15 - 25岁年龄段人群中扁桃体结石的患病率约为8%。体质特殊人群： 一些体质较弱、免疫力低下的人，更容易受到细菌等病原体的侵袭，扁桃体部位也更易出现炎症等问题，进而增加扁桃体结石的发生几率。比如患有糖尿病等基础疾病的人，由于身体抵抗力差，扁桃体感染的风险较高，也就更易长结石。