先心病的发生与多种因素有关。据统计，先心病的发生概率约为0.4%~1%左右。
遗传因素方面
基因相关：某些基因突变可能会增加患先心病的风险。例如，染色体畸变，像21-三体综合征等染色体异常疾病，常常伴有先心病的发生。研究发现，在21-三体综合征患儿中，约50%合并有先心病，主要是心内膜垫缺损和室间隔缺损等。家族遗传倾向：如果家族中有先心病患者，那么其他家庭成员患先心病的几率会比普通人群高。比如父母一方患有先心病，其子女患病风险比正常人群高2%~3%左右。
母体因素方面
孕期感染：女性在妊娠早期（尤其是前3个月）如果感染了风疹病毒，胎儿患先心病的概率会明显增加。据报道，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿先心病发生率可高达10%~20%。另外，流感病毒、巨细胞病毒等感染也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触放射性物质，如在没有做好防护的情况下接触X射线等，或者接触某些化学毒物，像汞、铅等，会增加胎儿患先心病的风险。还有，孕妇如果大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精中的乙醇等成分会通过胎盘影响胎儿心脏发育，导致先心病发生几率升高。
其他因素方面
药物影响：孕妇在孕期服用某些药物也可能导致胎儿先心病。例如，孕妇服用抗肿瘤药物、抗癫痫药物等，可能会干扰胎儿心脏的正常发育过程。高原环境因素：在高原地区生活的人群，胎儿患先心病的概率相对平原地区可能会高一些。这可能与高原地区缺氧等环境因素影响胎儿心脏发育有关。