治疗灰指甲比较有效的药物主要有口服药和外用药。口服药方面，伊曲康唑是常用的，它属于广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成来发挥作用。一般采用冲击疗法，服用一周停三周为一个疗程，通常需要2 - 3个疗程。还有特比萘芬，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的重要步骤，一般连续服用12周左右。
外用药种类及特点
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的抗真菌药，能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而影响真菌的生长和繁殖。使用时需先清洁病甲，然后每周涂抹1 - 2次，一般需要连续使用3 - 6个月。环吡酮胺乳膏：通过改变真菌细胞膜的完整性，引起细胞内容物漏出而发挥抗真菌作用，可直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次，坚持使用效果较好，但起效相对较慢。
联合用药情况
有时候会考虑口服药和外用药联合使用，比如口服伊曲康唑的同时配合阿莫罗芬搽剂。这样可以增强抗真菌效果，因为口服药从内部抑制真菌，外用药从外部抑制真菌，能从不同环节阻止真菌的生长繁殖。不过联合用药需要在医生的指导下进行，医生会根据患者的具体情况，如灰指甲的严重程度、患者的身体状况等综合判断是否适合联合用药以及具体的用药方案。
特殊人群注意事项
对于孕妇和哺乳期女性，一般不建议使用治疗灰指甲的口服药，因为这些药物可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。此时可以优先选择外用药，但外用药的效果可能相对较慢，需要患者有足够的耐心坚持使用。而儿童患者使用治疗灰指甲的药物也需要谨慎，通常不建议儿童过早使用口服抗真菌药，一般先尝试外用药，如果外用药效果不佳再考虑在医生评估后谨慎使用口服药。