头皮毛囊炎最有效的药需根据病情来定，一般细菌感染引起的头皮毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌活性，能有效抑制细菌生长，缓解炎症，通常连续使用几天可见效。
细菌感染型头皮毛囊炎用药
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，直接涂抹在头皮患处，能针对性地抑制细菌繁殖，减轻头皮的红肿、疼痛等症状。一般局部涂抹后，1 - 2天能看到炎症有一定程度的缓解。夫西地酸乳膏： 也是针对细菌感染的外用药物，对引起头皮毛囊炎的常见细菌如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌作用。涂抹后能快速渗透到皮肤组织中，抑制细菌蛋白合成，从而消除炎症，使用时每天涂抹2 - 3次，坚持使用几天可改善症状。
真菌感染型头皮毛囊炎用药
酮康唑洗剂： 这是一种抗真菌药物，它可以抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。使用时将其涂抹在头皮上，轻轻按摩几分钟后冲洗掉，每周使用2 - 3次，连续使用几周能有效治疗由马拉色菌等真菌感染引起的头皮毛囊炎。特比萘芬乳膏： 同样是抗真菌外用药物，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成，达到抗真菌效果。涂抹在头皮患处，每天1 - 2次，对于真菌感染导致的头皮毛囊炎有较好的治疗作用，一般使用1 - 2周可见明显改善。
综合注意事项
保持头皮清洁： 无论哪种类型的头皮毛囊炎，都要注意保持头皮清洁卫生，建议每天用温和的洗发水清洗头发，但要注意不要过度清洁，以免损伤头皮屏障。一般建议2 - 3天清洗一次头发比较合适。避免搔抓头皮： 搔抓头皮会导致皮肤破损，容易使细菌或真菌进一步侵入，加重毛囊炎的症状。所以要尽量克制自己不要用手去抓头皮，如果瘙痒明显，可以通过轻轻拍打头皮来缓解。