药流后小肚子疼一般是生理原因或宫腔残留所致。
一、生理原因：
药流后因米索前列醇作用持续存在，会使下腹部持续疼痛，这主要是子宫收缩痛。同时妊娠囊排出后，子宫会出现生理性宫缩，这也会加重腹痛。通常这种情况无需特殊治疗，3至5天后症状往往会逐渐缓解。
二、宫腔残留：
若药流后疼痛程度逐渐加剧或不缓解，且伴有阴道持续流血，则要怀疑有宫腔残留的可能。因为存在宫腔残留时，残留物对子宫持续刺激，会导致子宫反复收缩，从而使小肚子疼持续存在或加重。若有残留，应及时进行清宫手术。
在药流后一个月内不要同房，要加强营养以增强机体抵抗力，保持外阴局部清洁以减少感染的可能。
总之，药流后小肚子疼要注意区分原因，采取相应的处理措施，同时做好药流后的护理工作。