药流后小肚子疼一般是生理原因或宫腔残留所致。
一、生理原因：
药流后因米索前列醇作用仍持续，所以下腹部会持续疼痛，这种疼痛主要源于子宫收缩痛。同时，妊娠囊排出后，也会引发子宫出现生理性宫缩，这也会使小肚子疼加剧。通常情况下无需特殊治疗，3至5天后症状往往会逐渐缓解。
二、宫腔残留：
如果药流后疼痛程度不断加强或一直不缓解，还伴有阴道持续流血，就要怀疑有宫腔残留的可能。因为一旦存在宫腔残留，残留物持续刺激子宫，会导致子宫反复收缩，这样小肚子疼就会持续存在或加重。在有残留的情况下应及时进行清宫手术。
建议药流后一个月内不要同房，要加强营养以增强机体抵抗力，保持外阴局部清洁，降低感染的几率。
总之，药流后小肚子疼要根据具体情况判断原因，并采取相应措施，同时要注意术后的护理和保健。