跑步时耳朵疼，若为耳廓处疼痛，可能是局部毛细血管受冷空气刺激收缩或痉挛所致，也可能是长时间跑步致颈部血管及肌肉紧张、痉挛，引起灌注不足，牵拉或波及耳后而致耳朵疼。若为耳内疼痛，可能是耳部敏感、咽部刺激导致，也需考虑存在咽鼓管调节功能较差，以及过敏反应、炎症反应等病理因素。具体如下：
一、耳部敏感：部分人先天耳部较为敏感，跑步时体内循环加快、体温升高，而外界空气温度相对较低，所以耳部敏感人群可能因较冷的空气刺激而产生疼痛。
二、咽部刺激：跑步过程中通常会吸入较多冷空气，可能对咽部造成一定刺激，进而引发疼痛，且疼痛可能会波及到耳部。
三、咽鼓管调节功能较差：可能由于跑步时鼓室内外压力受气流因素影响改变快速，在咽鼓管调节功能差的情况下造成内外压力差，同时快速改变的气流可能对鼓膜产生一定刺激，从而导致耳朵疼症状出现。
四、过敏反应：跑步时耳朵处疼痛还可能是在跑步过程中接触到空气中的过敏原，引发耳部过敏反应而出现疼痛症状。
五、炎症反应：若患者本身患有咽炎、鼻炎、中耳炎等疾病，会引起或放射到耳朵引起疼痛，在跑步过程中由于身体循环加速以及振动，会诱发或加重耳朵疼。
总之，跑步耳朵疼可能由多种原因引起，需要结合具体情况进行分析判断，必要时应及时就医检查和治疗。