跑步耳朵疼通常是由于以下原因引起的：
1.气压变化：跑步时呼吸加快，外界气压低于中耳气压，导致中耳负压增加，引发耳痛。
2.耵聍（耳屎）栓塞：耵聍在受到外界刺激后可能会移动，刺激鼓膜导致疼痛。
3.感染：跑步时耳部出汗，若没有及时清理，可能会导致细菌或真菌感染，引起耳部炎症。
4.外耳道损伤：跑步时头部晃动、耳机摩擦等可能导致外耳道皮肤受损，引发疼痛。
针对以上原因，可以采取以下治疗方法：
1.调整呼吸：用鼻子呼吸，避免大口快速呼吸，减少气压变化。
2.清理耵聍：如果耵聍栓塞导致疼痛，可以寻求医生帮助清理。
3.保持耳部清洁：跑步后及时清理耳部汗水，避免感染。
4.选择合适的耳机：使用柔软、舒适的耳机，避免过度摩擦外耳道。
5.就医治疗：如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如听力下降、耳鸣等，应及时就医，进行进一步检查和治疗。
总之，跑步耳朵疼可能是多种原因引起的，需要根据具体情况采取相应的治疗方法。如果疼痛严重或持续时间较长，建议及时就医。