跑完步耳朵疼存在生理原因和病理原因。生理原因主要是缺氧，病理原因包括中耳炎和外耳道炎，治疗方法通常有外用药物和口服药物。具体如下：
一、生理原因：
跑步时活动量过大，会刺激耳部神经产生生理反应。因为跑步时人体处于相对缺氧状态，会使耳部神经敏感度上升，从而引发耳朵疼。一般经过系统休息后症状可缓解，通常无需特殊治疗。但要注意适量参加锻炼，避免长期过度运动导致症状加重。
二、病理原因：
1.中耳炎：通常在免疫力下降时易受细菌感染而引发。患者会出现耳痛、耳鸣、听力下降等症状，跑完步后症状往往会加重。可在医生指导下口服药物治疗，常用药物有罗红霉素胶囊、头孢呋辛酯胶囊等。
2.外耳道炎：一般由病毒感染、外伤等原因引起。会出现耳道流脓、耳痛等症状，跑完步后耳朵疼也会加重。可在医生指导下滴用左氧氟沙星滴耳液、氧氟沙星滴耳液等，同时配合口服药物，如阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊等。
总之，跑完步耳朵疼要根据具体情况分析原因，采取相应的处理措施。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医诊治。