肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，致病菌多由尿道上行入膀胱，继而沿输尿管向上蔓延至肾脏，从而引发肾盂肾炎。其中，大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占60%~80%。
致病菌感染途径：
上行感染： 这是最常见的感染途径。女性尿道短而宽，且靠近肛门，大肠杆菌等致病菌容易由尿道上行进入膀胱，引起膀胱炎，若未能及时治疗，细菌可沿输尿管向上播散至肾脏，导致肾盂肾炎。例如，性生活是女性肾盂肾炎常见的诱发因素之一，因为性生活可能会将尿道周围的细菌挤入膀胱。血行感染： 较少见。细菌从身体其他部位的感染灶经血运传播到肾脏引起肾盂肾炎。常见于患有菌血症的患者，如皮肤感染、疖痈、骨髓炎及肺炎等。细菌随血流到达肾脏，先在肾皮质引起多发性小脓肿，然后沿肾小管向下扩散至肾乳头和肾盂黏膜。
易感因素：
尿路梗阻： 如尿路结石、前列腺增生、先天性泌尿系统畸形等，会导致尿液排出不畅，细菌容易在局部繁殖，引发肾盂肾炎。据统计，尿路梗阻患者发生肾盂肾炎的风险比无梗阻者高12倍左右。膀胱输尿管反流： 当尿液从膀胱逆流至输尿管甚至肾盂时，膀胱内的细菌容易反流到肾脏，从而增加肾盂肾炎的发病几率。这种情况在儿童中相对多见，尤其是婴儿时期。机体免疫力低下： 如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人群，机体抵抗力下降，容易遭受细菌感染，进而引发肾盂肾炎。糖尿病患者由于血糖控制不佳，白细胞的吞噬功能受到影响，更容易发生泌尿系统感染。女性生理结构： 女性尿道短（约3~5厘米），且靠近肛门，细菌容易侵入，这使得女性肾盂肾炎的发病率高于男性。据统计，女性一生中患肾盂肾炎的概率明显高于男性，尤其是育龄女性。