三个月宝宝睡觉摇头，通常是由以下原因引起：
1.正常生理现象：宝宝神经系统发育不完善，控制能力较差，易出现摇头等动作；
2.湿疹：宝宝头皮瘙痒，会通过摇头缓解不适；
3.缺钙：宝宝缺钙时，可导致自主神经功能紊乱，多汗，刺激头皮，引起摇头；
4.头皮感染：宝宝不注意卫生，可导致头皮感染，出现瘙痒，引起摇头。
针对以上原因，可采取以下措施：
1.保持宝宝头部清洁，勤洗头；
2.给宝宝选择透气、柔软的枕头，避免摩擦头皮；
3.及时给宝宝添加辅食，保证营养均衡；
4.多带宝宝晒太阳，促进钙吸收；
5.如果宝宝摇头症状持续不缓解，或伴有其他异常，应及时就医，明确原因。