头皮毛囊炎可以使用外用药物和口服药物来治疗，一般来说，外用药物如莫匹罗星软膏等可能对较轻的头皮毛囊炎有效，而病情较重时可能需要口服抗生素。例如，对于细菌感染引起的头皮毛囊炎，常用的外用抗生素软膏有莫匹罗星软膏等，一般连续使用数天可能会有改善。
外用药物治疗
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。对于头皮毛囊炎，可直接涂抹在患处，能抑制细菌的生长繁殖，帮助减轻炎症、红肿等症状。一般每天涂抹2 - 3次，连续使用几天观察效果。但要注意，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 也是一种外用抗生素，对引起头皮毛囊炎的常见细菌有较好的抗菌作用。它可以通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥杀菌效果。使用时同样是将药膏均匀涂抹在头皮毛囊炎的部位，一天使用2 - 3次。不过，使用过程中如果出现局部灼烧感、瘙痒、皮疹等不良反应，应停止使用并就医。
口服药物治疗
头孢类抗生素： 如果头皮毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能需要口服头孢类抗生素。例如头孢呋辛酯等，这类药物通过抑制细菌细胞壁的合成来达到杀菌的目的。但需要注意的是，使用头孢类药物前必须确认患者没有头孢类药物过敏史，有青霉素过敏性休克史者禁用头孢类药物。一般成人常用剂量是一次0.25 - 0.5克，一天2次，但具体用量需遵医嘱。四环素类抗生素： 像多西环素也可用于治疗头皮毛囊炎。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。不过，8岁以下儿童、孕妇及哺乳期妇女禁用多西环素。成人一般剂量为一次100毫克，一天2次，同样要在医生指导下使用，并且用药期间要注意观察是否有恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应。
针对特殊人群的用药注意
儿童头皮毛囊炎用药： 儿童头皮出现毛囊炎时，外用药物选择要更加谨慎。比如莫匹罗星软膏，2岁以上儿童可以使用，但要注意避免药物进入眼睛等敏感部位。如果需要口服抗生素，一定要在医生严格评估后，选择合适的药物，且严格按照儿童的体重等情况来确定剂量，不能自行随意用药。孕妇头皮毛囊炎用药： 孕妇出现头皮毛囊炎时，外用药物相对更安全一些，比如可以选择对胎儿影响较小的外用抗生素软膏，但也需要在医生的指导下使用。而口服药物则要非常谨慎，因为很多口服药物可能会通过胎盘影响胎儿发育，所以一般不轻易使用口服药物，只有在病情非常严重，经医生权衡利弊后认为必须使用时才会考虑，并且会选择对胎儿影响最小的药物。