肚脐下小腹疼可能由多种原因引起。比如女性生理期时，约60% - 90%的女性会有不同程度的小腹疼痛，一般经期结束后疼痛会缓解。
妇科相关原因
痛经： 分为原发性和继发性。原发性痛经多见于青春期女性，与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素含量升高可引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现疼痛，通常在月经来潮后开始，最早可出现在经前12小时，以行经第1日疼痛最剧烈，持续2 - 3日缓解。继发性痛经则是由盆腔器质性疾病引起，如子宫内膜异位症、子宫腺肌病等，疼痛多从月经前开始，经期加重。盆腔炎： 女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎等。下腹部疼痛是其主要症状之一，疼痛程度不一，多为持续性，活动或性交后加重，还可伴有阴道分泌物增多、异常阴道出血等表现，病情严重时可有发热甚至高热、寒战、头痛、食欲缺乏等。
肠道相关原因
肠炎： 多由细菌、病毒、寄生虫感染等引起。如细菌性肠炎，进食被细菌污染的食物后，一般在数小时至十余小时后发病，出现肚脐下小腹疼痛、腹泻、恶心、呕吐等症状，腹泻严重时可导致脱水、电解质紊乱。病毒性肠炎多见于秋冬季节，主要表现为发热、腹痛、腹泻，大便呈水样或蛋花汤样。肠易激综合征： 一种常见的功能性肠病，病因尚不明确，可能与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道感染后、精神心理因素等有关。主要症状为腹痛、腹胀，多在肚脐下小腹，伴有排便习惯改变和大便性状异常，疼痛程度不一，一般不会进行性加重，部分患者症状会在排便后缓解，常伴有失眠、焦虑、抑郁、头昏、头痛等精神症状。
泌尿系统相关原因
膀胱炎： 多由大肠埃希菌等病原菌感染引起，主要表现为尿频、尿急、尿痛，也可出现下腹部疼痛，疼痛可在排尿时加剧，还可伴有尿液浑浊、血尿等情况，部分患者可出现低热或无发热。输尿管结石： 多由肾结石下降至输尿管所致。典型症状是突然发生的一侧腰部或腹部绞痛，疼痛剧烈，难以忍受，可放射至下腹部、腹股沟及会阴部，同时可伴有血尿、恶心、呕吐等症状，疼痛发作时患者辗转不安，疼痛可间断或持续存在。