怀孕40天时，选择哪种流产方式最好，需要综合考虑多方面因素，以下是一些建议：
1.药流：药流适合怀孕49天内的女性，通过服用药物来终止妊娠。药流的优点是无需手术，对子宫的损伤较小，恢复较快。但药流可能存在药流不全的风险，需要再次清宫。
2.人流：人流是通过手术的方式将孕囊吸出，适用于怀孕10周内的女性。人流的优点是成功率高，一般可以一次清除孕囊。但人流手术对子宫有一定的损伤，术后可能会出现出血、感染等并发症。
3.可视人流：可视人流是在B超引导下进行的人流手术，相比于传统人流，可视人流更加精准，可以减少对子宫的损伤。可视人流一般适用于怀孕10周内的女性。
需要注意的是，药流和人流都有一定的风险，需要在医生的指导下进行。此外，流产对女性的身体和心理都会造成一定的影响，因此在选择流产方式时，需要慎重考虑。同时，流产后需要注意休息，加强营养，避免劳累和着凉，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。
如果怀孕40天，需要终止妊娠，建议及时就医，进行相关检查，根据自身情况和医生的建议选择合适的流产方式。此外，无论选择哪种流产方式，都应该选择正规的医疗机构，并在医生的指导下进行。同时，流产后应该注意避孕，避免再次意外怀孕。