怀孕40天选择哪种流产方式较好，需要综合多方面因素来决定，没有绝对的“最好”，以下是几种常见的选择：
1.药流：指通过服用药物终止妊娠，适合停经49天内的孕妇。药流的优点是无需宫腔操作，对子宫损伤较小；缺点是药流可能会出现药流不全，需要再次清宫，且药流过程中可能会出现腹痛、恶心等不适。
2.人工流产：包括负压吸引术和钳刮术，适用于停经10周内的孕妇。人工流产的优点是手术时间短、出血少、恢复快；缺点是需要进行宫腔操作，可能会对子宫造成一定损伤。
3.无痛人流：在人工流产的基础上，通过静脉麻醉使孕妇在睡眠状态下进行手术，减轻手术痛苦。无痛人流的优点是手术过程中孕妇无痛苦，舒适度高；缺点与人工流产相同。
需要注意的是，无论是药流还是人工流产，都需要在医生的指导下进行，术前需要进行详细的检查，以排除宫外孕等禁忌症。术后要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。
此外，流产对女性的身体和心理都会造成一定的影响，因此在性生活中应做好避孕措施，避免意外怀孕。如果意外怀孕，应及时就医，在医生的建议下选择合适的流产方式。