怀孕40天选择流产方式，需要综合考虑多方面因素，以下是一些建议：
1.药流：药流适合怀孕49天内的女性。药流通过服用药物终止妊娠，不需要进行手术，但药流可能会出现药流不全，需要进行清宫手术。
2.无痛人流：无痛人流是通过静脉麻醉，让患者在睡眠状态下进行手术，手术时间短，出血少，恢复快。但无痛人流需要进行宫腔操作，可能会对子宫内膜造成一定的损伤。
3.有痛人流：有痛人流是在传统人流的基础上进行局部麻醉，手术过程中患者会感到疼痛，但手术时间短，操作简单。
需要注意的是，无论是药流还是无痛人流，都需要在医生的指导下进行，并且要在合适的时间内进行。此外，流产后需要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，避免性生活和盆浴一个月。如果出现阴道出血多、发热、腹痛等异常情况，需要及时就医。
总之，选择流产方式需要根据个人情况和医生的建议进行，同时要注意术后护理，避免并发症的发生。