三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育还不完善，容易受到外界刺激而兴奋，摇头是宝宝自我安慰的一种方式。此外，宝宝的前庭功能发育不完善，也会导致宝宝在睡觉时出现摇头的情况。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而出现摇头的情况。湿疹会导致宝宝头皮瘙痒，尤其是在夜间，宝宝会通过摇头来缓解瘙痒。
3.缺钙：宝宝缺钙会导致神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、夜惊等症状。此外，缺钙还会影响宝宝的骨骼发育，导致方颅、鸡胸等骨骼畸形。
4.耳部感染：如果宝宝的耳部受到感染，会导致耳部疼痛，宝宝会通过摇头来缓解疼痛。耳部感染还会导致宝宝出现发热、哭闹等症状。
如果宝宝出现睡觉老是摇头的情况，家长可以先观察宝宝的情况，如果宝宝的精神状态良好，没有其他异常症状，可能是正常的生理现象。如果宝宝的摇头情况比较严重，或者伴有其他异常症状，家长应及时带宝宝就医，明确原因，并进行相应的治疗。