三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，控制能力较差，当外界环境刺激或睡眠时，可能会出现摇头、面部抽搐等症状，这是一种正常的生理现象，通常随着宝宝月龄的增长，会逐渐缓解。
2.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，导致钙磷代谢紊乱，会引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、烦躁、睡眠不安等症状。此外，宝宝还可能伴有方颅、鸡胸、肋骨串珠等骨骼改变。家长可以带宝宝到医院进行维生素D和钙的检测，以明确诊断。
3.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而出现摇头的现象。此外，湿疹还可能伴有皮肤红斑、丘疹、水疱等症状。家长可以观察宝宝的头部是否有湿疹，如果有，可以在医生的指导下给宝宝使用湿疹膏进行治疗。
4.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会因为耳部疼痛而出现摇头的现象。此外，中耳炎还可能伴有耳部流脓、听力下降等症状。家长可以观察宝宝的耳部是否有异常，如果有，需要及时带宝宝到医院进行检查和治疗。
5.其他：宝宝睡觉摇头还可能与头部瘙痒、外耳道炎、外耳道湿疹等原因有关。
如果宝宝睡觉摇头的情况比较严重，或者伴有其他异常症状，建议及时带宝宝到医院就诊，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。