三个月的宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.室内温度过高：宝宝的体温调节功能尚未发育完善，环境温度过高会导致宝宝头部出汗，引起瘙痒，从而出现摇头的现象。
2.湿疹：宝宝头皮上有湿疹，会使宝宝感到瘙痒，进而出现摇头的情况。
3.缺钙：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，进而出现缺钙的症状，如多汗、夜惊、烦躁、摇头等。
4.头皮瘙痒：宝宝的头皮上有污垢，或者使用了不适当的洗发水，会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。
5.中耳炎：宝宝的咽鼓管较短、宽且平直，呈水平位，一旦发生上呼吸道感染，鼻咽部的细菌或病毒容易通过咽鼓管侵及中耳，引起中耳炎，出现耳痛、哭闹、摇头等症状。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持室内温度适宜，避免给宝宝穿过多的衣物。
2.及时清理宝宝的头皮污垢，选择温和、无刺激的洗发水。
3.给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。
4.如果宝宝有湿疹，可以在医生的指导下使用湿疹膏进行治疗。
5.注意观察宝宝的耳部情况，如有异常，及时就医。
总之，如果宝宝睡觉老是摇头，家长应注意观察，找出原因，并采取相应的措施。如果宝宝的症状持续不缓解或伴有其他异常，应及时就医，以便明确诊断，对症治疗。