川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究认为可能与多种因素有关。目前普遍认为川崎病是在遗传易感性基础上，由感染等因素触发的异常免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、疱疹病毒等。不过具体是哪种病毒以及如何引发川崎病的机制还在进一步探索中。细菌感染： 部分研究提示，某些细菌感染也可能是川崎病的诱发因素之一，像链球菌等细菌感染后，可能会引起身体的免疫紊乱，进而增加患川崎病的风险，但具体关联机制还需更多研究来证实。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿体内的免疫系统会出现异常激活的情况。例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会过度活化，产生大量的细胞因子和炎症介质，从而导致全身血管的炎症反应，出现发热、皮疹、手足红肿等一系列症状。自身免疫反应： 身体的免疫系统错误地将自身血管当作外来异物进行攻击，引发血管炎。这种自身免疫反应会累及全身多个部位的血管，尤其是中动脉，如冠状动脉等，这也是川崎病可能导致冠状动脉病变的重要免疫机制所在。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现，川崎病具有一定的遗传易感性。如果家族中有川崎病患者，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。不过并不是有家族史就一定会发病，只是遗传因素增加了患病的可能性。不同的基因位点可能与川崎病的易感性相关，目前已经发现了一些与免疫调节、炎症反应等相关的基因可能在川崎病的发病中起到作用，但具体的遗传机制还需要更深入的研究来阐明。