腰上面两侧肌肉疼可能由多种原因引起，比如运动劳损，通常长期不运动后突然剧烈运动，可能在1-2天内出现疼痛。
肌肉劳损方面
长期不良姿势： 长时间弯腰工作、久坐等，会使腰背部肌肉处于紧张状态，时间久了就容易导致肌肉疼痛。比如一些办公室职员，每天坐着工作6 - 8小时，长期保持不良坐姿，就可能引发腰上面两侧肌肉疼。运动过度： 进行高强度的腰部运动，像激烈的仰卧起坐、跳绳等，会造成肌肉拉伤或乳酸堆积，从而引起疼痛。一般运动后数小时到1 - 2天内可能出现症状。
疾病因素方面
腰椎间盘突出： 椎间盘退变、损伤等原因可导致腰椎间盘突出，压迫周围神经，引起腰上面两侧肌肉疼，还可能伴有下肢麻木、疼痛等症状。这种情况在中老年人中较为常见，但现在年轻人由于久坐等因素也有发病趋势。强直性脊柱炎： 这是一种自身免疫性疾病，早期可能表现为腰背部疼痛，尤其是腰上面两侧肌肉，早晨起床时疼痛可能较为明显，活动后有所缓解，病情进展可能会影响脊柱活动度。
其他因素方面
受凉： 腰部长期受到寒冷刺激，如冬季穿着单薄暴露腰部，会使肌肉血管收缩，血液循环不畅，引发疼痛。一般在受凉后数小时到1天内出现症状。肾脏疾病： 像肾炎、肾结石等肾脏疾病也可能引起腰上面两侧肌肉疼。比如肾结石，除了腰部疼痛外，还可能有血尿、尿频、尿急等症状，疼痛可能较为剧烈，呈绞痛样。