病毒性软疣主要通过局部治疗来改善，一般可以采用物理治疗等方法。比如冷冻治疗，是利用低温使软疣小体坏死脱落，通常经过几次治疗可能会有效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 医生会用低温的液氮等冷冻剂直接接触软疣部位，使病变组织坏死脱落。一般来说，可能需要多次治疗才能完全清除软疣，每次冷冻间隔大概2 - 3周左右。刮除术： 用特制的刮匙将软疣小体刮除，操作时要注意尽量刮干净。不过对于儿童等特殊人群，操作需要更加轻柔谨慎，避免造成过多损伤。
外用药物治疗
维A酸类药物： 像维A酸乳膏等，可以通过调节上皮细胞的生长和分化来发挥作用，帮助改善软疣的情况，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周才能看到较明显效果。三氯醋酸： 具有腐蚀性，能腐蚀软疣组织使其坏死脱落，但使用时要注意准确涂抹，避免伤及周围正常皮肤，而且可能会有一定疼痛感。
日常注意事项
保持皮肤清洁： 要注意保持长有软疣部位的皮肤清洁卫生，每天用温水清洗，避免细菌感染。清洗时动作要轻柔，不要过度摩擦软疣部位。避免搔抓： 患者要尽量避免搔抓软疣，因为搔抓可能会导致软疣扩散，使更多部位感染软疣。尤其是儿童，家长要注意看护好，防止孩子不自觉搔抓。隔离与防护： 如果是在集体生活环境中，比如幼儿园等，发现有病毒性软疣患者，要注意适当隔离，避免与他人密切接触传染给别人。同时，个人的衣物、毛巾等要单独清洗，防止交叉感染。