肠道菌群失调症的症状表现多样，常见的有消化系统症状，约70%以上的患者会出现腹胀、腹痛等情况，部分人还会有腹泻，每天排便次数可能达到3~10次不等，大便性状可能为稀水样或糊状。
消化系统方面的症状表现
腹胀： 肠道菌群失调时，肠道内气体代谢失衡，容易产生过多气体，导致腹部胀满感，尤其是进食后可能更为明显。比如有些人吃完饭后会感觉肚子像鼓起来一样，闷闷的。腹痛： 肠道菌群失调可能引起肠道蠕动异常或局部炎症反应，从而导致腹痛，疼痛程度不一，有的是隐隐作痛，有的可能较为明显，部位多在肚脐周围或下腹部。
肠道功能紊乱相关症状
腹泻： 肠道菌群失调会影响肠道对水分和营养物质的吸收，使得大便稀溏，排便次数增加。例如有的患者一天腹泻3~5次，大便不成形，像稀水状。便秘： 少数肠道菌群失调的人也可能出现便秘情况，这是因为菌群失调影响了肠道正常的推进性蠕动，导致大便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，变得干结难以排出。
全身相关的非特异性症状
营养吸收障碍相关表现： 长期肠道菌群失调可能影响营养物质的吸收，导致患者出现消瘦、乏力等症状，因为肠道不能很好地吸收蛋白质、维生素等营养成分，身体得不到充足营养供应。免疫力下降相关表现： 肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道免疫功能，进而可能使患者容易感冒、感染等，比如原本一年感冒一两次，菌群失调后可能感冒次数增多。