怀孕45天看不到孕囊可能有以下原因：
1.受孕时间较短：孕囊可能还未发育到可以通过超声检查看到的大小。可以等待一段时间后再进行复查。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，此时超声检查也可能看不到孕囊。需要进行进一步的检查，如血β-HCG测定、孕酮测定、超声检查等，以排除宫外孕的可能。
3.胚胎发育不良：孕囊内的胎芽、胎心搏动等发育情况可能异常，导致看不到孕囊。这种情况下，可能需要进行清宫手术。
4.其他：子宫肌瘤、子宫畸形等也可能影响孕囊的显示。
如果怀孕45天看不到孕囊，建议及时就医，医生会根据具体情况进行进一步的检查和诊断，并制定相应的治疗方案。在等待检查和诊断的过程中，应注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应立即就医。