怀孕45天B超看不到孕囊，可能是以下原因：
1.怀孕时间较短：孕囊可能还没有发育到可以通过B超看到的大小。建议复查B超，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，也会导致B超看不到孕囊。需要进一步检查，如血β-HCG、孕酮、阴道超声等，以排除宫外孕的可能。
3.生化妊娠：受精卵在着床过程中出现异常，导致胚胎停止发育，但没有完全排出体外，血β-HCG会升高，但超声检查看不到孕囊。一般不需要特殊处理，相当于来一次月经。
4.其他：子宫肌瘤、子宫畸形等也可能影响孕囊的显示。
如果怀孕45天B超看不到孕囊，需要结合血β-HCG、孕酮等检查结果，以及临床症状、体征等，由医生综合判断。如果医生怀疑宫外孕，需要及时住院治疗，以避免发生危险。如果是其他原因导致的看不到孕囊，医生会根据具体情况给出相应的建议和处理方案。
在等待复查B超的过程中，需要注意以下几点：
1.注意休息，避免剧烈运动和性生活。
2.放松心情，避免紧张和焦虑。
3.按照医生的要求，按时复查。
4.如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。