消化性溃疡的临床表现多样，其中最典型的是慢性、周期性、节律性上腹痛。约90%的十二指肠溃疡患者和60%的胃溃疡患者会出现上腹痛，疼痛多在进食后一段时间出现，比如十二指肠溃疡常表现为空腹疼痛，多在餐后2~4小时发作，还可能在夜间痛醒，而胃溃疡的疼痛多在餐后1小时内出现，1~2小时后缓解。
疼痛特点方面
部位特点： 十二指肠溃疡的疼痛多发生在右上腹或脐上方偏右的位置；胃溃疡的疼痛部位多在剑突下正中或偏左的位置。疼痛范围一般比较局限，直径约数厘米。节律特点： 除了上述的发作时间节律外，十二指肠溃疡的疼痛进食后可缓解，然后再发作；胃溃疡则是进食后疼痛不能缓解，反而在1~2小时后才逐渐缓解。
其他消化系统症状方面
反酸、嗳气： 溃疡患者常出现胃酸分泌过多的情况，导致反酸，即胃内酸性内容物反流至口腔；同时还可能伴有嗳气，也就是俗称的“打饱嗝”，是因为胃肠道内气体增多，通过食管排出体外。大约有半数以上的消化性溃疡患者会出现反酸、嗳气症状。恶心、呕吐： 较剧烈的溃疡发作时可能会引起恶心、呕吐，呕吐物多为胃内容物，一般呕吐后疼痛不会马上缓解。比如十二指肠溃疡活动期，炎症刺激导致胃肠蠕动功能紊乱，就可能出现恶心、呕吐现象，儿童患者如果发生消化性溃疡，呕吐症状可能相对更明显些。
全身症状方面
食欲变化： 部分患者会出现食欲减退的情况，因为溃疡引起的腹部不适会影响患者的进食欲望；但也有一些患者食欲不受明显影响，不过整体进食量可能较患病前减少。体重变化： 如果溃疡长期不愈，影响营养物质的消化吸收，患者可能会出现体重下降。尤其是胃溃疡患者，由于进食后疼痛，可能会有意识地减少进食，时间长了体重下降会比较明显，有的患者1个月内体重可下降3~5公斤。精神症状： 长期受溃疡病痛折磨，部分患者会出现精神紧张、焦虑等情绪，反过来这些情绪又可能加重溃疡的症状，形成恶性循环。比如有的患者会因为担心溃疡复发或癌变而过度焦虑，导致睡眠质量下降，进一步影响身体的恢复。